O palco é a cidade de Ayanagi, uma cidade próxima ao Mar do Japão. É uma cidade futurista que foi construída para realizar a recuperação da calamidade causada pela "Síndrome da Apatia" dez anos antes. O estudante do ensino médio Shin Kanzato com seu irmão mais novo Jun, se encontram com seu irmão mais velho Ryou, que é o chefe da Polícia da cidade de Ayanagi, novamente após dez anos. Naquela época, uma série de incidentes estranhos acontecem na cidade de Ayanagi, como a tripulação de um submarino que desaparece repentinamente enquanto está em seu submarino, ou um sintoma sem espírito que perturba o mundo após dez anos, ou o caso do cadáver de dentro para fora onde um estudante assumiu uma aparência cruel. Ryou rastreia a organização por trás de uma série de incidentes e, tendo se envolvido nos incidentes, Shin desperta a "Persona". (Fonte: Wikipedia)