Satoshi, Iris & Dent continuam suas viagens pela região de Isshu. Depois de ganhar seu 8º Gym Badge contra Homika na cidade de Tachiwaki, Shirona convida a todos para ficar em sua villa em East Isshu, onde o velho amigo Hikari também está hospedado, e participar do Pokémon World Tournament Junior Cup antes de Satoshi participar da Unova League. Enquanto isso, a Equipe Rocket inicia seu plano final para a região de Isshu - qual é o propósito deles em seu desejo pelo lendário Pokémon Meloetta?