Pokémon são criaturas maravilhosas que vêm em uma variedade de tipos e tamanhos, com habilidades, poderes e personalidades tão diversas quanto numerosas. O Dr. Yukinari Ookido dedicou sua vida a estudar esses seres fascinantes, que podem ser capturados, treinados, negociados e lutados uns contra os outros. No entanto, há muito que ele pode fazer em seu laboratório. Com isso em mente, Ookido confia a dois meninos um Pokémon próprio e uma enciclopédia computadorizada para catalogá-los. Um deles, Green, é impetuoso, apaixonado, ligeiramente arrogante e sobrinho do próprio Doutor Ookido. O outro garoto, Red, é igualmente apaixonado e cheio de uma sensação de admiração, de olhos arregalados e um tanto ingênuos. Pokémon: The Origin segue Red em sua jornada pela região de Kanto em sua tentativa de completar seu "Pokédex" capturando e catalogando todos os Pokémon existentes. Ao longo do caminho, ele descobrirá que há mais para si mesmo e seus objetivos do que ele pensava originalmente. Red terá que colocar a si mesmo e seu Pokémon à prova em ginásios especiais cujos líderes são etapas ao longo do caminho para a Liga Pokémon, a fim de desafiar a Elite Four e se tornar um campeão da Liga Pokémon. Além de seus objetivos de se tornar um campeão, Red tem outros problemas em fermentação. Existem outros que capturam e treinam Pokémon por motivos mais sinistros, sendo a infame organização criminosa Team Rocket um deles. Se Red conseguir derrotá-los, seus colegas treinadores, seu rival Green e Pokémon selvagens em Kanto, ele poderá realizar seu próprio sonho e o do Doutor Ookido também.