Anteriormente um assistente do Professor Platane de Miare City, Alain e seu Lizardon partiram em uma jornada para se tornarem ainda mais fortes, dominando os poderes da megavolução. Investigando os mistérios desse fenômeno, a mando da enigmática Fleur-de-lis, Alain e Lizardon viajam por Kalos e Hoenn em busca de treinadores capazes que possam usar a mega evolução para melhorar, bem como ajudar Fleur-de lis com sua pesquisa. Ao longo do caminho, eles encontram uma jovem chamada Manon que, com seu Harimaron, decide acompanhar Alain, com o que ele relutantemente concorda. Pokémon XY: Mega Evolution segue Alain e Lizardon em sua jornada para se tornarem os usuários mais fortes da mega evolução, enquanto também lutam contra monstros lendários para proteger as ambições de Fleur-de-lis, bem como a segurança daqueles que são mais importantes para ele. [Escrito por MAL Rewrite]