Abandonados por seus pais abusivos e tendo apenas um ao outro para depender, os irmãos Utsutsu e Yume Hasegawa se descobrem desencaminhados por lindas borboletas vermelhas que surgiram em seu mundo. Sem o conhecimento deles, esses arautos de asas vermelhas anunciam o início de um pesadelo canibal - um vírus misterioso conhecido como Pupa está prestes a eclodir. Depois de sucumbir aos efeitos de Pupa, Yume sofre uma metamorfose grotesca em uma criatura monstruosa com um desejo insaciável por carne; Utsutsu, por outro lado, é apenas parcialmente afetado, ganhando poderes regenerativos notáveis. Reafirmando a decisão de cumprir a promessa que fez a si mesmo anos atrás, Utsutsu está disposto a sacrificar tudo para estar sempre lá para sua preciosa irmãzinha. Pupa conta a história da luta desesperada de um irmão amoroso para salvar sua irmã enquanto protege o mundo de sua fome incontrolável. [Escrito por MAL Rewrite]