A vida normal do estudante de ensino médio Ayato Kamina vira de cabeça para baixo quando Tóquio é repentinamente invadida por caças futuristas. Em meio ao caos, ele encontra uma mulher chamada Haruka Shitow, que afirma ser de uma organização governamental chamada TERRA. Ela revela que ele está vivendo em uma bolha do tempo chamada "Tóquio Júpiter", que foi colocada em prática pelos mulianos - humanóides de outra dimensão - em uma tentativa de isolar e dominar Tóquio. TERRA tem tentado quebrar a barreira que cerca a cidade desde então. Incapaz de processar a revelação, Ayato entra em pânico e foge. Ele encontra seu colega Reika Mishima, que o leva a um lugar chamado "O Santuário de Xephon", onde um grande ovo dorme. Ela começa a cantar e um poder desconhecido desperta dentro de Ayato, conectando-o a um ser chamado RahXephon que sai do ovo. Pouco depois, Haruka o encontra novamente e tenta fazer com que ele se junte a ela na luta contra os Mulians. Pego entre a mira dos Mulians e TERRA, Ayato começa a questionar seu propósito, navegando em memórias alteradas e, finalmente, sua própria identidade neste novo mundo caótico. [Escrito por MAL Rewrite]