O estudante de ensino médio Makoto Itou notou Kotonoha Katsura pela primeira vez no início de seu segundo semestre, primeiro ano. Imediatamente, ele fica fascinado com a beleza dela, mas sua timidez não permite que ele se aproxime dela, mesmo que eles viajem no mesmo trem todos os dias. Em vez disso, ele tira uma foto dela em segredo e a define como papel de parede de seu celular: um feitiço que, se mantido em segredo, supostamente ajudaria você a realizar seu amor. No entanto, o colega de classe Sekai Saionji vê a foto, mas ao invés de denunciá-lo, ela se oferece para ajudá-lo a arranjar Kotonoha para ele - chegando ao ponto de se tornar amigo dela apenas para ele. Assim, o trio inicia uma amizade um tanto improvisada. School Days acompanha a vida desses três adolescentes enquanto eles enfrentam as alegrias e as dificuldades que vêm com o ensino médio. Em uma história viva e repleta de romance e melancolia, a história desses três alunos permanecerá na memória por muito tempo após a conclusão importante. [Escrito por MAL Rewrite]