Após os eventos de Senki Zesshou Symphogear G, Hibiki Tachibana, Tsubasa Kazanari e Chris Yukine continuam a operar sob o comando de Genjuurou Kazanari. Enquanto isso, Maria Cadenzavna Eve, Kirika Akatsuki e Shirabe Tsukuyomi são levadas em custódia protetora. Com a paz restaurada, todos voltam às suas vidas diárias; no entanto, o aparecimento da alquimista Carol Malus Dienheim e seus subordinados - os "Auto-pontuadores" - ameaça levar todos de volta ao conflito. Armado com um estranho e mágico poder, Carol deseja iniciar o apocalipse e trazer destruição para o mundo ... e ela está disposta a sacrificar tudo para isso. Contra este novo inimigo misterioso, os seis manejadores de Symphogear devem enfrentar o desafio a fim de proteger o que eles amam. No entanto, será que Carol e seus marcadores automáticos provarão ser demais para lidar nesta luta para proteger o destino do mundo? [Escrito por MAL Rewrite]