O ano é 2148. Dois anos após o fim do Fafner original na série de TV Azure, a Ilha Tatsumiya e seus residentes sobreviventes retornaram a alguma aparência de recuperação. No entanto, as coisas ficaram desesperadoras para nosso herói, Kazuki; quase cego agora, e parcialmente aleijado de suas batalhas com o Festum dois anos antes, ele se apega à promessa que seu amigo caído Soushi fez a ele de retornar à ilha e consertar as coisas novamente. As esperanças de Kazuki aumentam quando uma forma de vida é detectada dentro de um submarino não tripulado que chega flutuando na baía de Tatsumiya uma noite, mas a pessoa a bordo não é Soushi; é um misterioso "menino" chamado Misao Kurusu que pode não ser inteiramente humano, e que afirma ter sido enviado por Sōshi. Com a chegada de Misao, as hostilidades eclodem novamente entre o Exército Humano e o Festum, e os pilotos Fafner são lançados na batalha mais desesperada de suas vidas - desta vez, com o destino de DUAS raças em seus ombros. (Fonte: Wikipedia)