Yumi Ikoma e Ryou Masaoka são crianças que foram selecionadas para participar de uma missão ultrassecreta, para serem os pilotos das primeiras unidades de combate Fafner; a última chance de sobrevivência para a raça humana. O inimigo é implacável, implacável e é capaz de ler as mentes dos humanos. Portanto, os detalhes desta missão são mantidos em segredo até mesmo do pessoal envolvido. Os jovens pilotos devem usar toda a sua coragem e fé para sobreviver e completar sua missão ou o destino da humanidade estaria comprometido. (Fonte: ANN)