A Terra desenvolveu um sistema de defesa contra grandes meteoritos que estão em rota de colisão com ela. Este sistema de proteção é composto pelos Comet Blasters baseados em várias estações espaciais como a 1ª linha de defesa, utilizando ogivas nucleares lançadas por naves espaciais. A 2ª linha de defesa consiste no lançamento de Meteor Sweepers de bases aéreas terrestres usando aviões hipersônicos com mísseis especiais para lidar com os destroços resultantes das explosões. Mikaze é uma garota problemática que é piloto em treinamento para uma equipe Meteor Sweeper que sonha em se tornar uma prestigiosa piloto do Comet Blaster. Stratos 4 gira em torno dos desafios de Mikaze e seus companheiros de equipe para se tornarem pilotos de verdade, enquanto a Terra enfrenta as ameaças que vêm do espaço. (Fonte: ANN, editado por Falre)