Em um futuro distante, a maioria dos humanos deixou a Terra, e a Aliança Galáctica da Humanidade é fundada para orientar a exploração e garantir a prosperidade da humanidade. No entanto, uma ameaça significativa surge na forma de estranhas criaturas chamadas Hideauze, resultando em uma guerra interestelar para prevenir a extinção da humanidade. Armado com Câmara, um robô autônomo, o tenente Ledo, de 16 anos, da Aliança Galáctica, se junta à batalha contra os monstros. Em uma infeliz virada de eventos, Ledo perde o controle durante a batalha e é lançado para os confins do espaço, caindo em uma Terra alagada. No planeta azul, Gargantia - uma grande frota de navios necrófagos - encontra Câmara e a recupera do oceano, pensando que eles salvaram algo de valor. Confundindo suas ações com hostilidade, Ledo foge a bordo e leva uma jovem mensageira chamada Amy como refém, apenas para perceber que os residentes de Gargantia não são tão perigosos quanto ele pensava. Diante da incerteza e incapaz de se comunicar com seus companheiros no espaço, Ledo tenta se orientar e se aclimatar a um novo estilo de vida. Mas seus dias pacíficos estão prestes a durar pouco, pois há mais neste planeta coberto pelo oceano do que aparenta. [Escrito por MAL Rewrite]