Apesar da derrota de Quinella – o pontífice da Igreja Axiom – as coisas ainda não parecem se acalmar. Ao entrar em contato com o mundo real, Kazuto "Kirito" Kirigaya descobre que o Ocean Turtle - um mega-flutuador controlado por Rath - foi invadido. Devido a um curto-circuito repentino causado pelos invasores, a luz de flutuação de Kirito é danificada, deixando-o em coma. Sentindo-se insegura com as pessoas da Igreja Axiom, Alice traz o inconsciente Kirito de volta à sua cidade natal - Rulid Village, desconsiderando seu banimento devido a um crime não absolvido. Agora, Alice está vivendo uma vida normal e pacífica perto da vila, desejando que Kirito acorde. No entanto, a tragédia ocorre quando Alice percebe que o Dark Territory já começou a invadir o Império Humano. Reassumindo seu apelido anterior, Alice Synthesis Thirty, ela promete derrotar o Dark Territory para defender o mundo que Kirito e Eugeo trabalharam tanto para proteger.