"Brinquedos" são poderes conferidos àqueles escolhidos para usá-los, cada um com qualidades únicas para seus usuários. Alguns desses indivíduos nascem puros, usando seus poderes para se tornarem detetives. Outros florescem envenenados e optam por se tornar ladrões fantasmas. Essas duas facções opostas causaram a formação de várias academias de detetives ao redor do mundo - treinando detetives para lutar e capturar os ladrões fantasmas. Sherlock Shellingford, Nero Yuzurizaki, Hercule Burton e Cordelia Glauca formam o "Milky Holmes", um grupo reconhecido como a nata da cultura na Holmes Detective Academy, sediada em Yokohama. No entanto, em uma escaramuça contra o ladrão fantasma Arsene, seus brinquedos desaparecem repentinamente, julgando-os inadequados para continuar como detetives. Privados de sua vida de prestígio e jogados em um sótão decadente, eles enfrentam a expulsão se não conseguirem recuperar seus poderes nos próximos três meses. Tantei Opera Milky Holmes conta a história de um grupo outrora lendário em sua jornada para recuperar seus brinquedos, bem como tentar continuar sua linha de trabalho sem os poderes que uma vez definiram sua carreira. [Escrito por MAL Rewrite]