Touma Kamijou não consegue fazer uma pausa. Após a invasão da Academy City, as tensões políticas continuam a aumentar enquanto a ciência e as facções mágicas colidem de frente. Parece que Academy City pretende declarar guerra contra a Igreja Católica Romana, consequentemente mergulhando o mundo inteiro na guerra global. Touma logo se encontra na linha de frente mais uma vez, lutando para proteger seus amigos e aliados. Toaru Majutsu no Index III serve como a última parcela da franquia original enquanto Touma, Accelerator e o verdadeiro Shiage Hamazura de Nível 0 continuam suas jornadas separadas, levando ao ato final da série original de light novel. [Escrito por MAL Rewrite]