À medida que as tensões entre o mundo da magia e a Cidade da Academia continuam aumentando, Touma Kamijou e sua mão da negação devem enfrentar esper e o mago para proteger as vidas daqueles ao seu redor. Claro, ele não está sozinho em sua luta; seja ao seu lado ou fora de vista, aliados e inimigos antigos e novos entrarão na briga para ajudá-lo. Toaru Majutsu no Index II continua a história de ação e comédia, enquanto a escala da batalha de Touma e seus aliados cresce cada vez mais. Um conflito está lentamente se formando no horizonte, e magia e ciência se cruzarão mais uma vez na guerra que está por vir. [Escrito por MAL Rewrite]