Dois anos se passaram desde o ataque do CCG em Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido ao aumento da influência do CCG, os ghouls continuam a representar um problema, pois começaram a tomar cuidado, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG à sua existência. A criação de uma equipe especial, conhecida como Quinx Squad, pode fornecer ao CCG o impulso necessário para exterminar os moradores indesejados de Tóquio. Como humanos que passaram por cirurgias para fazer uso das habilidades especiais dos ghouls, eles participam de operações para erradicar as criaturas perigosas. O líder deste grupo, Haise Sasaki, é um meio-ghoul, meio-humano que foi treinado pelo famoso investigador de classe especial, Kishou Arima. No entanto, há mais nesse jovem do que aparenta, pois memórias desconhecidas arranham sua mente, lembrando-o lentamente da pessoa que ele costumava ser. [Escrito por MAL Rewrite]