No ano de 2199, a Terra enfrenta sua maior crise. Devido aos bombardeios implacáveis da raça alienígena conhecida como "Gamilas", o planeta não pode mais sustentar seus habitantes. Em exatamente um ano, a humanidade está prestes a se extinguir. Em desespero, o povo da Terra estabelece a Força de Defesa da Terra, sua última defesa contra o faminto Império Gamilas. No entanto, a humanidade encontra um vislumbre de esperança após receber uma mensagem do misterioso planeta Iscandar, que oferece a eles um dispositivo que restauraria a Terra à sua antiga glória. Com a salvação em vista, a Força de Defesa da Terra chama o prolífico Navio de Guerra Espacial Yamato e rapidamente monta uma tripulação para fazer a jornada de 168.000 anos-luz até Iscandar e receber sua ajuda. Entre a tripulação estão os jovens oficiais Susumu Kodai e Daisuke Shima, junto com vários outros líderes recém-promovidos, todos sob o comando do ilustre Capitão Juuzou Okita. Forçado a aprender como lidar com a tecnologia inovadora do navio enquanto lida com o ataque das frotas Gamilas, o elenco inexperiente de Uchuu Senkan Yamato 2199 deve reunir cada centímetro de sua determinação para sobreviver às muitas dificuldades a bordo do Yamato e completar sua missão: salvar a humanidade antes que seja tarde. [Escrito por MAL Rewrite]