Haruka e Sora Kasugano estão voltando para casa, para um lugar cheio de memórias. Depois de perderem os pais em um trágico acidente de carro, os gêmeos decidem voltar ao campo e recomeçar a vida na casa do avô, que é uma constante lembrança de momentos de seu passado. Saudando-os estão os amigos de infância Nao Yorihime e Akira Amatsume, e a novata Kazuha Migiwa. É uma recepção calorosa, simbólica dos dias que devem vir. Sua paz é meramente efêmera, no entanto, à medida que emoções reprimidas, nascidas de votos recém-descobertos e esquecidos, começam a exercer sua influência nas novas vidas dos gêmeos. E, no fundo, um segredo obscuro, conhecido apenas por eles, começa a se soltar. Baseado no romance visual de Sphere, Yosuga no Sora não só explora o poder das memórias perdidas e do amor verdadeiro quando os laços de muitos se entrelaçam, mas também levanta questões de moralidade e aceitação social. [Escrito por MAL Rewrite]