Diz a lenda que o enigmático Puzzle do Milênio concederá um desejo a quem quer que decifre seus antigos segredos. Ao resolvê-lo, o estudante do ensino médio Yuugi Mutou desencadeia "outro Yuugi", uma presença peculiar contida no interior. Agora, sempre que ele se depara com um dilema, esse misterioso alter ego faz uma aparição e o ajuda em seus problemas. Desejando desvendar o mistério por trás desse espírito estranho, Yuugi e seus companheiros encontram-se competindo com vários adversários em "Duel Monsters", um jogo de cartas desafiador usado por pessoas que tentam roubar o Puzzle do Milênio em uma tentativa desesperada de aproveitar o grande poder dentro. Conforme as perguntas se acumulam, não demora muito para que eles descubram que há mais do que orgulho na linha nesses duelos.