Na movimentada e futurista cidade de Heartland, um jovem chamado Yuuma Tsukumo tem um sonho que todos da sua idade desejam realizar - ganhar o título de maior duelista! Infelizmente, devido às suas habilidades de duelo sem brilho, este sonho está longe de ser alcançável. Mas quando o valentão da escola, Ryouga "Shark" Kamishiro, divide a chave dada a ele por seu pai em dois pedaços, ele inadvertidamente coloca Yuuma em rota de colisão com seu sonho. Retendo metade da chave, Yuuma começa um duelo com Shark, mas logo percebe que suas habilidades inexperientes não são páreo para ele. Em uma mudança repentina de eventos, a chave de Yuuma se conserta sozinha, e a "Porta do Destino '' aparece diante dele. Usando a chave para abri-la, Yuuma é saudado por um alienígena com o nome de Astral - um ser que só ele pode ver. O perplexo Yuuma logo descobre que suas memórias foram divididas em 100 "cartas numéricas", todas as quais ele deve recuperar. No entanto, ele também não é o único procurando por elas. Bombardeado por essas revelações, Yuuma, ao lado de Astral, deve defender o mundo das ameaças vindouras que pairam sobre Heartland City - independentemente de qualquer intervenção divina que possa ocorrer. [Escrito por MAL Rewrite]