Depois de derrotar um inimigo misterioso, Yuuma Tsukumo, junto com a ajuda de Kaito Tenjou e Ryouga "Shark" Kamishiro, frustrou os planos dos Barians. No entanto, Yuuma ainda está em uma missão para recuperar as cartas numéricas para restaurar as memórias de Astral. Os Sete Imperadores Barian descobrem os esforços de Yuuma e Astral e começam a coletar as cartas para atingir seu objetivo final: destruir o mundo de Astral em troca de salvar o seu. Embora apenas cinco dos imperadores estejam presentes, eles decidem por unanimidade aniquilar Astral e Yuuma de uma vez por todas. Em outros lugares, com seus novos poderes de ZEXAL, Astral e Yuuma trabalham para eliminar a força inimiga que ameaça a Terra e o resto do universo. Yu ☆ Gi ☆ Oh! Zexal Second desvenda os mistérios e surpresas desagradáveis que se seguem às adversidades de Yuuma. Enquanto Astral luta para aceitar seu passado e as consequências que ele pode ter trazido, os deuses continuarão a derramar sua fortuna sobre Yuuma em mais uma aventura perigosa? [Escrito por MAL Rewrite]