Em um deserto remoto no Planeta Zi, um garoto chamado Van descobre uma instalação abandonada e em ruínas. Dentro, ele encontra um casulo opaco que se quebra sozinho, e um robô semelhante a um dinossauro conhecido como "Organoide" emerge da concha. Van nomeia a criatura Zeke e a reivindica para si, mas um grupo de bandidos vem atrás dele para apreender o Organoid. Os bandidos estão equipados com "Zoids", unidades mecânicas semelhantes a bestas que são usadas para combate. Van é capaz de afastar seus perseguidores revivendo e fundindo-se com um velho Zoid apelidado de "Shield Liger". Van retorna às instalações com Zeke a reboque e encontra um novo casulo. Ele está em êxtase por ter obtido outro Organoide, mas quando o casulo se rompe, uma garota emerge dele. Sem saber de suas origens, a garota só lembra que seu nome é Fiona e que ela tem que localizar um objeto chamado "Eva de Zoid". Determinada a resolver o mistério por trás de sua existência, Fiona se aventura ao lado de Van e Zeke para descobrir o que a Zoid Eve realmente é. O trio cruza com muitos amigos e inimigos em sua aventura, encontrando vários perigos e experimentando pedaços de alegria enquanto viajam. [Escrito por MAL Rewrite]