A jornada de Satoshi e seus amigos pela região de Kalos continua! Após Satoshi obter seu sétimo distintivo de ginásio, o grupo está se movendo em direção à próxima cidade quando Eureka descobre um Pokémon misterioso descansando em sua pochette. Logo após receber o nome de Puni-chan, é um nome que nem mesmo Satoshi e o novo Pokémon de Serena, Zukan, conseguem identificar. No entanto, rapidamente se torna aparente que Puni-chan é o alvo de um grupo misterioso vestido em ternos vermelhos brilhantes conhecido como Team Flare, com o objetivo de capturar o novo Pokémon para promover sua agenda. Mas quando Satoshi e sua turma percebem que a enigmática organização não tem intenção de tratar Puni-chan com decência, eles se opõem aos planos do Team Flare, ousando contra-atacar. Com as previsões de Gojika pairando sobre eles, Satoshi almeja sua última insígnia de ginástica enquanto Serena disputa sua última chave de princesa para poder competir na TriPokalon Master Class. Mas conforme a Team Flare começa a se mover em busca do misterioso Z, as histórias de Pokémon XY e Pokémon XY: Mega Evolution se cruzam quando Satoshi e seus amigos, junto com a Equipe Rocket, são pegos em um esquema que pode colocar Kalos em grande perigo. [Escrito por MAL Rewrite]