Um ano pode mudar a vida de uma pessoa para sempre. Os 365 dias de aula 3-E do Kunugigaoka Junior High passados com seu excêntrico professor, Koro-sensei, certamente sim. Carregando as memórias daquele ano perto de seus corações, os ex-alunos Nagisa Shiota e Karma Akabane voltam para sua antiga sala de aula para relembrar os eventos daquele momento importante de suas vidas. Nagisa e Karma são lembrados pelas salas familiares, mesas, quadro-negro e o álbum da classe dos eventos que os transformaram em "assassinos" e os prepararam para o mundo real. Esse é o legado de seu professor parecido com um polvo - que se apresentou ameaçando destruir o mundo se não o matassem até o final do ano letivo - e o tempo gasto na bizarra, porém excepcional, "Sala de Aula de Assassinato". [Escrito por MAL Rewrite]