Em um mundo pós-apocalíptico, o último assentamento humano remanescente no Japão é a cidade fortemente fortificada de Tóquio-3. Shinji Ikari, de quatorze anos, é levado para a sede da Nerv, uma organização clandestina liderada por seu pai distante, Gendou. Ele pede que Shinji se torne um piloto de um "Evangelion", um andróide colossal construído para lutar contra criaturas alienígenas monstruosas e destrutivas conhecidas como "Anjos" que causam estragos no planeta e ameaçam a sobrevivência da raça humana restante. Embora inicialmente relutante, Shinji é influenciado pela ideia de se reconciliar com seu pai, e concorda em ajudar na perigosa empreitada da humanidade contra sua ameaça alienígena, como o piloto do Evangelion Unit-01. Lançado no meio de um campo de batalha perigoso, Shinji deve encontrar a coragem necessária e determinação para enfrentar as incursões dos Anjos antes que seja tarde demais. [Escrito por MAL Rewrite]