A decorrer entre os eventos de Free !: Eternal Summer e Free !: Dive to the Future, Free !: Take Your Marks encena os formandos do último verão através de quatro histórias diferentes antes de partirem para o futuro. Unmei sem escolha! (Escolha Destinada!) Segue Haruka Nanase e Makoto Tachibana em busca de um novo apartamento para Haruka enquanto ele se instala em Tóquio. Hitou no Cooling Down! (Cooling Down the Secret Hot Spring!) Vê Aiichiro Nitori escolher um presente de formatura para Rin Matsuoka e Sousuke Yamazaki, enquanto Momotaro Mikoshiba ganha ingressos para o Anago Hot Springs. Na esperança de uma viagem juntos, Aiichiro e Momotaro convidam Rin e Sousuke. Kessoku no Batafurai! (United Butterfly!) Mostra Rei Ryugazaki, Nagisa Hazuki e Gou Matsuoka criando um vídeo de recrutamento para atrair novos sócios do clube para o próximo ano letivo. Tabidachi no Etanaru Buru! (Partindo do Eternal Blue!) Analisa os planos das equipes de natação de Iwatobi e Samezuka para a festa surpresa de despedida de Rin, já que ele partirá para a Austrália em breve. [Escrito por MAL Rewrite]