Um peixinho dourado foge de casa e flutua nas costas de uma água-viva. Depois de ficar presa em uma jarra de vidro, ela vai à costa onde é libertada por Sousuke, um menino de cinco anos que mora com sua mãe Lisa em uma casa à beira-mar enquanto seu pai Koichi trabalha em um barco de pesca. Depois de curar um corte no dedo de Sousuke lambendo-o, o peixinho dourado é chamado de Ponyo por seu novo amigo. Desconhecido para Sousuke, Ponyo já tem um nome e uma família. Seu pai Fujimoto, um feiticeiro que abandonou sua humanidade para viver debaixo d'água, procura freneticamente por sua filha Brunhilde. Quando encontrada e capturada, Ponyo rejeita seu nome de nascimento e declara que deseja se tornar humana. Usando o poder recebido do sangue de Sousuke, ela cresce braços e pernas e foge para a superfície mais uma vez. Mas a magia liberada no oceano causa um desequilíbrio na natureza, fazendo com que a Lua comece a sair de órbita e as marés se tornem perigosamente mais fortes. Reunido com Ponyo, Sousuke deve passar por um antigo teste para restaurar a ordem no mundo e deixar seu companheiro viver como um humano. [Escrito por MAL Rewrite]