Com o desaparecimento da Major Motoko Kusanagi, Batou da Seção 9 é designado para investigar uma série de assassinatos horríveis - aparentemente nas mãos de ginóides defeituosos ou robôs sexuais. Mas quando um ginóide defeituoso deixa uma mensagem enigmática para Batou, ele começa a questionar a causa de seu mau funcionamento. Suspeitas de assassinato com motivação política e um "fantasma" ilegal rapidamente surgem, atraindo Batou e seu parceiro Togusa para uma perigosa teia de conspiração. À medida que a investigação prossegue, a linha entre o homem e a máquina continua a se confundir, e a realidade e a percepção tornam-se indistinguíveis. Confrontando inimigos estranhos e perigosos, Batou e Togusa exploram um mundo futurista cheio de máquinas e bonecos vivos, mas totalmente desprovido de humanidade. [Escrito por MAL Rewrite]