A história desta quarta parcela se passa em meio a sinais de reconstrução pós-guerra no inverno de 2028. As tensões estão aumentando em New Port City enquanto manifestações são realizadas sobre os interesses de cartéis estrangeiros. Isso leva a um incidente de tiro envolvendo a polícia de choque. Tudo começou com uma infecção no cibercérebro lançada pelo terrorista "Fire Starter". Uma unidade ofensiva independente liderada por Motoko Kusanagi confia a supressão da situação aos seus fantasmas e visa a sua própria justiça. Abaixo da superfície do incidente, estão a "menina de lata" Emma e o "homem espantalho" Burinda Junior. Enquanto Kusanagi lida com o incidente, ela se aproxima do que aqueles dois fantasmas estavam procurando.