Jubei Kibagami vagueia pelo Japão feudal como um espadachim itinerante de aluguel. Depois que uma traição passada o deixou sem mestre, ele não tem mais paciência para guerrear facções políticas e seus esquemas. Infelizmente, tanto a intriga do passado quanto a política colidem quando ele conhece e salva uma ninja chamada Kagero de um homem com a habilidade de tornar seu corpo duro como pedra. Única sobrevivente de um clã ninja, Kagero continua a última missão de sua equipe: investigar uma praga misteriosa que destruiu uma aldeia inteira. Jubei não quer ter nada a ver com isso, mas os aliados do homem parecido com uma pedra, um grupo de ninjas com poderes sobrenaturais conhecidos como os Demônios de Kimon, tornam essa opção difícil. Para piorar as coisas, um espião do governo envenena Jubei, prometendo-lhe um antídoto se ele puder desvendar as verdadeiras intenções dos Demônios de Kimon e sua conexão com a praga. A trilha leva a líderes sombrios, uma conspiração para derrubar o governo e um homem que Jubei pensou que nunca veria novamente.