Seis meses se passaram desde os eventos do filme anterior. O destino voltou para a cidade de Uminari com Lindy como sua guardiã legal e está vivendo a vida de uma estudante normal do ensino fundamental junto com Nanoha e seus amigos. A reunião entre os dois novos amigos é interrompida, no entanto, quando eles são atacados por quatro antigos usuários de magia que se identificam como os Wolkenritter. Conforme os motivos por trás das ações dos Wolkenritter se tornam claros, Nanoha e Fate se encontram em uma corrida contra o tempo para impedir a reativação de um artefato altamente perigoso conhecido como O Livro das Trevas. (Fonte: ANN)