Embora o desejo de Sayaka Miki tenha sido realizado, as consequências imprevistas que vieram com isso a oprimem, fazendo com que sua gema da alma seja contaminada enquanto ela sucumbe ao desespero e eventualmente perde sua humanidade. Homura Akemi revela a Kyouko Sakura e Madoka Kaname o destino final das garotas mágicas: uma vez que sua gema da alma fica contaminada, ela se transforma em uma Semente da Dor, e elas renascem como bruxas - uma verdade que Homura aprendeu apenas através da repetição da história inúmeras vezes em uma tentativa para evitar a tragédia de Madoka. Kyuubey só aumenta seu desespero quando ele confessa suas verdadeiras intenções: aproveitar a energia criada por garotas mágicas e usá-la para prolongar a vida do universo. Enquanto a ameaça de Walpurgisnacht, uma bruxa poderosa, assoma no alto, Homura mais uma vez jura proteger Madoka e o mundo de um destino cruel. Preso entre honrar o desejo de Homura e salvar o mundo, qual deles Madoka escolherá no final? Mahou Shoujo Madoka ★ Magica Movie 2: Eien no Monogatari é uma história de destino inevitável e um herói improvável que poderia mudar tudo. [Escrito por MAL Rewrite]