As meninas de Mitakihara vivem alegremente suas vidas, ocasionalmente lutando contra o mal, mas, por outro lado, seguindo suas rotinas pacíficas e cotidianas. No entanto, Homura Akemi sente que algo está errado com esta atmosfera excepcionalmente agradável - embora os outros permaneçam alheios, ela não pode deixar de suspeitar que há mais no que está acontecendo do que aparenta: alguém que não deveria existir está presente no momento para participar de suas atividades. Mahou Shoujo Madoka ★ Magica Movie 3: Hangyaku no Monogatari segue Homura em sua luta para descobrir a dolorosa verdade por trás das circunstâncias misteriosas, enquanto ela egoísta e desesperadamente luta pelo bem de seu amor eterno nesta conclusão desesperada da história dos cinco garotas mágicas. [Escrito por MAL Rewrite]