Takashi Natsume e seu companheiro espiritual Madara, apelidado de "Nyanko", continuam retornando os nomes dos espíritos do Livro dos Amigos dado por sua falecida avó Reiko Natsume. No caminho de volta da escola um dia, Takashi encontra um espírito à espreita chamado Monmonbou, que relembra memórias da avó de Takashi depois de ouvir seu nome. A curiosidade natural de Takashi o leva a explorar uma cidade misteriosa onde sua avó morava. Fazendo amizade com sua velha conhecida Yorie Tsumura e o filho de Yorie, Mukuo, Takashi revela mais sobre o passado de sua avó. Nesse ínterim, Nyanko faz um desvio em busca de comida e se depara com uma suspeita "Semente do Espírito", que milagrosamente brota em uma árvore frutífera durante a noite. Cedendo à tentação, Nyanko consome a fruta, dividindo-o em três. Buscando uma solução para a situação de Nyanko, Takashi e seus amigos ajudam, inesperadamente descobrindo mais segredos que a cidade guarda no processo. [Escrito por MAL Rewrite]