Muito poucas mudanças na rotina diária de Kenji Seki. Todas as manhãs, ele leva seu cachorro à praia na esperança de dar uma olhada em sua colega de classe, Kahori Harukawa, enquanto ela surfa. Depois, ele se encontra com seu vizinho e amigo de infância, Natsuki Suzuura, e eles caminham para a escola. Em essência, ele vive uma vida idílica onde a única coisa com que precisa se preocupar é como finalmente confessar seus sentimentos a Kahori. A rotina da vida de Kenji é interrompida pela chegada de um misterioso aluno transferido. Ryouichi Kyougoku, que afirma ser um vidente, tem o carisma e a popularidade com que Kenji sempre sonhou. Em pouco tempo, Kahori começa a mostrar sentimentos por Ryouichi, e Natsuki fica distante sempre que Kenji tenta falar sobre seus sentimentos. Enquanto a vida de Kenji se desorganiza, como a chegada de Ryouichi impactará aqueles ao seu redor? Nerawareta Gakuen segue esses ex-alunos típicos do ensino médio enquanto eles se envolvem com o sobrenatural. [Escrito por MAL Rewrite]