Os melhores amigos Yuu, Haru e Kotona têm uma vida tranquila de colégio juntos. Um dia, porém, um homem suspeito persegue e esfaqueia Kotona - uma catástrofe que Yuu e Haru não conseguiram evitar. Enquanto carregavam a garota às pressas para o hospital, os dois meninos quase são atropelados por um caminhão, mas milagrosamente permanecem ilesos. Em vez disso, eles se encontram em um reino de conto de fadas com uma diversidade exótica de pessoas e criaturas maravilhosas. Para sua surpresa, os meninos descobrem que Yuu, que estava confinado a uma cadeira de rodas desde a infância, agora pode andar! No entanto, eles não têm tempo para refletir sobre a situação intrigante, pois seu amigo se foi. Partindo para encontrar Kotona, Yuu e Haru param em um pub local para perguntar sobre ela. Mas ao inspecionar uma foto de Asha, a princesa do reino, os dois têm uma revelação chocante. Narrando uma aventura extraordinária em um mundo mágico, Ni no Kuni demonstra a conexão especial entre dois mundos separados, mas paralelos, e sua manifestação dos laços entre os indivíduos. [Escrito por MAL Rewrite]