Quando a temporada de outono se aproxima do fim, Chidori Yoshino, um membro do Strega, sequestra Junpei Iori. Enquanto isso, Makoto Yuuki e o Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) aniquilam o Arcana Enforcado. Logo depois, um misterioso playboy chamado Ryouji Mochizuki é transferido para a Classe 2-F da Gekkoukan High School. Supostamente tendo alcançado seu objetivo, os membros do SEES acreditam que estão livres da batalha que cruelmente roubou a vida de seus entes queridos. E, no entanto, o Tártaro e a Hora das Trevas continuam a existir, sem se deixar abater pelo extermínio da décima segunda Sombra. Perturbado por seu aparente fracasso, SEES deve lidar com suas lutas pessoais e descobrir por quem eles lutam. Conforme as jornadas de autodescoberta de Makoto e Junpei progridem, a identidade de Ryouji e a razão por trás do ódio de Aegis por ele se tornam claras. [Escrito por MAL Rewrite]