Em eras há muito esquecidas, quando a Terra se viu em rota de colisão com um meteoro, o Pokémon Lendário Arceus usou seu poder para evitar o perigo. No entanto, essa façanha fez com que as 16 placas ao seu redor se espalhassem pelo mundo. Sem as placas fornecendo energia vital para Arceus, ele começou a morrer. Um humano chamado Damon conseguiu encontrar uma das placas e a devolveu ao moribundo Pokémon, ajudando-o a se recuperar. Como recompensa, Arceus criou a Jóia da Vida e deu ao povo da cidade de Michina, estipulando que ela deveria ser devolvida, mas os humanos recusaram, monopolizando a Jóia para si. Na batalha que se seguiu, Damon foi morto e Arceus adormeceu, jurando punir a humanidade em seu retorno. Satoshi e seus companheiros chegam na cidade de Michina, onde encontram Sheena, uma descendente de Damon, que afirma estar de posse da Jóia da Vida e pretende devolvê-la a Arceus quando ela acordar. A situação toma um rumo inesperado quando Arceus, apesar das melhores intenções de Sheena, continua insatisfeito. Satoshi agora deve evitar a destruição de toda a raça humana, já que a fúria de Arceus causa distorções na estrutura do universo, enfurecendo o trio Lendário - Dialga, Palkia e Giratina - e perturbando o equilíbrio do mundo. [Escrito por MAL Rewrite]