Uma antiga profecia fala de um dia em que os titãs do gelo, relâmpagos e fogo são perturbados. Quando isso ocorrer, Lugia, a guardiã do mar, se levantará e restaurará a harmonia. Encantado com as palavras da profecia, Gelardan, um colecionador de Pokémon, parte em sua aeronave com um plano terrível para capturar Lugia indo atrás desses três titãs. Depois que Gelardan faz sua jogada, mudanças climáticas drásticas começam a ocorrer, à medida que terríveis tempestades começam a surgir em todo o mundo. Uma dessas tempestades faz com que o navio que transportava os treinadores Pokémon Satoshi, Kasumi e Kenji saia do curso e pousasse na Ilha Earthia. Ao chegar, Satoshi é informado da antiga profecia e de seu destino como o escolhido que ajudará Lugia a restaurar o equilíbrio do mundo. Com o destino do mundo em suas mãos, Satoshi deve reunir coragem para enfrentar o caos que ameaça destruir tudo e parar Gelardan. [Escrito por MAL Rewrite]