Um veículo em fuga dirigido por Izumi Yasaka, a caminho do prédio do Departamento de Segurança Pública, é relatado pouco antes de colidir com o prédio. Izumi é uma conselheira que recentemente fugiu enquanto trabalhava em uma instalação de isolamento e reabilitação criminal latente conhecida como Santuário. Antes que os inspetores Mika Shimotsuki e Akane Tsunemori interrogassem o suspeito, um pedido repentino é emitido da instalação para trazer Izumi de volta imediatamente. Interpretado como uma ordem direta do Chefe e da diretoria do Santuário, os Inspetores obedecem, mas insistem que Izumi seja escoltado de volta pessoalmente. Tsunemori pretende investigar mais com o resto da equipe do Bureau. Agora, a inspetora Shimotsuki finalmente teve a oportunidade que tanto esperava - ser a investigadora principal de um caso importante. Este caso segue Shimotsuki e sua equipe de Enforcers enquanto eles descobrem os segredos do Santuário.