Em uma linha do tempo alternativa, o mundo aparentemente alcançou a paz. Desprovidas de conflitos internacionais, as guerras são agora travadas entre empresas privadas no lugar de nações pacíficas. Yuuichi Kannami, uma transferência recente na Área 262, simplesmente faz seu trabalho como piloto de caça contratado. No entanto, quanto mais tempo ele passa em sua nova base, mais mistérios vêm à tona. Os Sky Crawlers exibem essa realidade através dos olhos de Kannami enquanto ele se esforça para entender os "Kildren", humanos geneticamente alterados para serem adolescentes para sempre com reflexos mais rápidos, e seu antecessor, o piloto conhecido como "Professor". No entanto, o que mais incomoda Kannami é como tudo isso se conecta ao comandante da base, Suito Kusanagi. A Área 262 tem as respostas, mas a verdade vem com um preço que o jovem piloto pode não estar disposto a pagar. [Escrito por MAL Rewrite]