Em uma véspera de Natal, Hana, Gin e Miyuki estão procurando presentes em montes de lixo quando encontram um bebê abandonado na noite fria de inverno. Chocada com a visão lamentável, os instintos maternos de Hana entram em ação e ela insiste em encontrar a mãe biológica do bebê para exigir uma explicação. Nomeando o bebê Kiyoko – que significa criança pura – eles começam sua busca usando as possíveis pistas deixadas ao lado dela: uma chave misteriosa e uma única nota. No entanto, seus planos logo são jogados em desordem quando eles são pegos em uma série de eventos sem precedentes. Tokyo Godfathers segue a jornada do trio enquanto eles se unem em todos os momentos, na esperança de entregar Kiyoko em sua verdadeira casa e encontrar seu próprio milagre de Natal. [Escrito por MAL Rewrite]