2199 DC. Yamato tentou deixar para trás a galáxia Grande Nuvem de Magalhães, depois de receber um "Cosmo Reverse System" em seu destino, Iscandar. No entanto, de repente, ele encontra um grupo misterioso na borda da Grande Nuvem de Magalhães. A tripulação descobre que o grupo é chamado de "Gatlantis" e que seu líder é o comandante da força expedicionária de Gutaba que se autodenomina "Goran Dagaamu do Trovão". O comandante exige que Yamato seja entregue a ele. Yamato, querendo correr para a Terra, escapa da briga. No entanto, Yamato é atacado por uma arma de raio devastadora chamada "Canhão de Ataque Direto de Chama" que pode transcender o espaço. Yamato conseguiu recuar, mas acaba se perdendo e se encontra em uma dimensão irregular de cor estranha. A tripulação decide desligar o motor da nave e explorar um planeta misterioso. Para coletar informações, Kodai, Kiryū, Sawamura, Niimi e Aihara pousam no planeta. O que eles viram quando chegaram foi um navio que não deveria estar lá. Dagaamu persegue os rastros da urdidura de Yamato e também alcança o espaço de cores estranhas. O planeta em que Yamato pousou era na verdade o que Dagaamu procurava o tempo todo. (Fonte: ANN)